Die naturnahe Gestaltung von naturfernen Bereichen wie Gewässerabschnitten oder Flächen im Gewässerumfeld spielt beim Ruhrverband eine nicht unbedeutende Rolle, denn das Naturschutzrecht verlangt für Eingriffe in Natur und Landschaft durch den Bau von Kläranlagen, Regenüberlaufbecken oder anderen abwassertechnischen Einrichtungen einen ökologischen Ausgleich. Der Ruhrverband hat daher beispielsweise die Ausgleichsflächen Ersatzflächenpool Oefte und Ruhrinsel Rellinghausen in Essen geschaffen.

Außerdem entwickelt der Ruhrverband neue Methoden zur möglichst kosteneffizienten Erreichung des von der Europäischen Wasserrahmenrichtlinie bis 2015 verlangten „guten ökologischen Zustands“ von Gewässern. Anhand konkreter Planungen wie etwa dem Konzept zur naturnahen Entwicklung von Fließgewässern (KNEF) Paasbach wird versucht, im Spannungsfeld zwischen Ökonomie und Ökologie neue Wege aufzuzeigen.

Ein weiterer Weg, eine größere Naturnähe zu erreichen, ist die Pflege der Grünflächen des Ruhrverbands nach ökologischen und wirtschaftlichen Gesichtspunkten. Wie lebendig und bunt das Grünland wird, wenn der Rasenmäher öfter mal Pause macht, zeigen die ökologisch gepflegten Flächen auf den Ruhrverbandskläranlagen.